قاجاریه
       در این دوره نیز تحولاتی در آستان قدس بوجود آمد،بنای صحن آزادی (نو) در سمت مشرق حرم به امر فتحعلیشاه و به کمک فرزندش علینقی میرزا و معماری حاج آقاجان صاحب بازارچه معروف در مشهد، ساخته شد و در زمان ناصرالدین شاه به اتمام رسید. طلاکاری ایوان، ایوان و سردر شمالی صحن عتیق – معروف به چایوان شاه عباسی- هم به تصریح کتیبه‌ای که بر آن قرار دارد ، در ایام محمد شاه مرمت شده است. بنای دارالسعاده توسط اللهیارخان آصف‏الدوله به سال 1251 ه. ق احداث شد و ترکیب رواق دارالضیافه در سال 1320 ه. ق انجام یافت. علاوه بر این، در سال 1275 هـ.ق قائم مقام نوری اقدام به آینه‌کاری روضه منوره کرد. « توحید خانه » نیز در زمان نیابت مولیت عضدالملک

       در این دوره به ویژه در زمان نادرشاه به تصریح قصیده فارسی قدیم و کتیبه‌های نگاشته شده در ایوان طلا‌ی صحن عتیق و به تصریح محمدکاظم مروی وزیر مرو، مناره دوره غزنویان و ایوان امیرعلی‌شیر را طلا‌کاری کرد و مناره دیگری در همان صحن برپا داشت و اشیایی زرین و گوهرنشان به آستان قدس تقدیم داشت بنای گلدسته ضلع شمالی صحن عتیق (صحن انقلاب)، طلاکاری مجدد ایوان امیر علیشیر و بنای مناره ایوان شمالی طلاکاری و تذهیب شد و سنگاب مرمر یکپارچه که به امر او ازهرات آوردند و اسماعیل‌خان، طلا‌یی سقفی روی ستون‌های مرمر برفراز آن ساخت و روی آن را با خشت‌های طلا‌ تزئین کردو به نام سقاخانه اسماعیل طلایی در صحن عتیق احداث گردید. به امر نادر مسیر یک نهر آب را به زیر حوض هدایت کردند تا حوض همواره پرآب باشد. این سقاخانه با مختصر تغییراتی، اکنون نیز برجای است.

       در این دوره فرسودگی‏ها و احیانا خرابی‏ها و خسارات وارد شده به حرم مطهر رضوی جبران گردید. زیرا نخست‏به فرمان غازان‏خان (694-703 ه. ق) و سپس در زمان سلطان محمد خدابنده الجایتو (703-716 ه. ق) پادشاه شیعی مذهب ایلخانی مرمت‏شد و به بناهای اطراف آن افزوده گردید. «بنای کامل گنبد موجود» را مربوط به این دوره دانسته‏اند. بدین واسطه این گنبد همانند سایر گنبدهایی که در دوره مغولها ساخته شده دو پوششی است و رویه‏اش با الواح مسین با روپوشی از طلا ساخته شده است. در همین دوره ابن‏بطوطه سیاح معروف که در سال 734 ه. ق از راه جام به طبس سفر کرده، در خاطرات خود از حرم مطهر حضرت رضاعلیه‏السلام و متعلقات آن یاد می‏کند: «در مشهد مکرم قبه عظیمی است در داخل زاویه و جنب آن مدرسه و مسجد است که همه از این ابنیه عالی متبوعه است دیوارهای این ابنیه را با خشت کاشانی مزین کرده[اند] و روی مرقد حضرت رضا صندوقی چوبی نصب شده است‏». همچنین به ضریح نقره ای رنگ اشاره می کند، با توجه به نوشته‏های ابن‏بطوطه و دیگر روایات معلوم می‏شود که در قرن هشتم هجری چنان آثاری وابسته به آستان قدس رضوی وجود داشته است، یعنی: (حرم، مسجد بالاسر، یک مدرسه و چند بنای کوچک متصل به ضلع شمالی).

       ابن ابی‏الحدید در شرح نهج‏البلاغه می‏نویسد که مغولان در سال 618 ه. ق ابتدا به طوس حمله آوردند، شهر را غارت کردند و مردم را به قتل رسانیدند. سپس وارد مشهدالرضا شدند و آنجا را هم خراب کردند. اگر چه بعضی منابع از خرابی بارگاه مقدس رضوی به دست مغولان سخن گفته‏اند ولی باز مؤلف تاریخ آستان قدس رضوی از قول ابن ابی‏الحدید می‏نویسد با وجودی که مردم مشهد را به قتل رسانیدند، بارگاه رضوی را حداقل تخریب نکردند و احتمالا به غارت اموال و اثاثیه آن اکتفا کردند. نیز عطاملک جوینی مؤلف جهانگشا از خرابی حرم مطهر به دست مغولان ذکری به میان نیاورده است. منظومه فضل بن روزبهان خنجی در مهمان‏نامه بخارا که حمله مغولان را به طوس و مشهد نگاشته است، دلالت می‏کند که حرم مطهر را خراب نکرده‏اند، زیرا نوشته‏های سال 612 که قبل از حمله مغولان بوده هنوز پابرجاست. 

ضریح چهارم ضریح ملمع یا ضریح طلا و نقره، معروف به شیر و شکر است، این ضریح در سال 1338 بر روی ضریح نگین نشان یا ضریح دوم نصب می‎گردد.